土木與環境工程系前身為1953年創立的哈爾濱軍事工程學院導彈工程系。1987年航天工程系軍民專業互轉（一個專業同時挂軍民專業兩塊牌子），導彈結構設計專業同時辦成工業與民用建築專業。1995年在航天工程系工業與民用建築專業（導彈結構設計專業）及供熱通風及空調專業（固體火箭發動機專業）的基礎上成立了建築工程系，1997年增設給水排水工程專業。目前土木與環境工程系設有土木工程、建築給水排水工程專業及土木工程綜合實驗室、給排水科學與工程綜合實驗室、船舶水污染控制技術聯合實驗室（東方船舶有限公司）和黑龍江省災害預警與工程防禦重點實驗室。土木工程專業現為黑龍江省重點專業，經“211工程”建設土木與環境工程系在教學與科研能力方面得到長足的進步。
長期以來，土木與環境工程系緊密圍繞服務土木、海洋、核能事業，立足地方經濟發展，共承擔國家自然科學基金等各類科研項目70餘項。同時服務于國家土木工程技術出口戰略的需要，積極承擔第三世界國家土木工程專業技術人才的培養，吸引了來自“一帶一路”二十多個國家的留學生與進修學者。本專業堅持校企聯合育人，先後與中國建築第三工程局、北京市建築工程研究院等多家企事業單位簽訂了聯合培養協議。目前，向國家輸送優秀人才2000餘名，畢業生主要服務于土木、海洋、核能等部門的設計院、科研院所、工程及管理等單位，得到了用人單位的廣泛好評，近幾年一次就業率始終保持在96%。
