航天工程系的前身是由哈軍工導彈工程系的戰術導彈部分組成的航天工程系，1978年正式招收四個專業的本科生，即導彈結構設計專業、固體火箭發動機專業、飛行器自動控制專業和導彈制導專業，培養了一大批優秀人才，為我國航天事業的發展做出了重要貢獻。
　　航天工程系目前主要有飛行器設計與工程、飛行器質量與可靠性兩個專業。飛行器設計與工程專業為黑龍江省重點專業，飛行器質量與可靠性專業為特色專業和緊缺專業。
　　在科學研究方面，航天工程系飛行器設計方向密切與力學（包括彈塑性力學、結構力學、疲勞、斷裂力學、動力學、計算力學和實驗力學）和材料科學聯系，重點開展以艦載機為核心的氣動、流固耦合技術、智能材料與結構、民用航天等方等方面的技術研究。可靠性工程方向圍繞着國家工程和需求，以保障和提高重大技術裝備的可靠性、安全性和經濟性為目标，探索和發展可靠性、維修性、故障預測與健康管理的新理論和新方法。特别在系統和結構的可靠性方面承擔了大量可靠性分與優化設計的科研任務，積累了豐富的科研經驗，培養了一支從事結構可靠性教學和科研的教師隊伍，培養了大批的研究生，在基于可靠性的結構優化設計和大型工程結構系統可靠性分析領域形成了我們獨有的特色，取得的研究成果達到了國内領先水平。
　　航天工程系采用寬口徑培養、大類培養等人才培養模式，使人才培養質量得到大幅提高。本科生大多進入航空航天等研究院所，一次就業率超過95%，學生素質得到了廣泛認可。本校或其他985及211學校讀研學生超過50%。
　　學生參與科技創新方面，“十二五”期間,本科生參加複合材料大賽，紙橋大賽，五四杯創新大賽，無人機、四旋翼飛機創新大賽等不同類别的比賽中獲得20多個高名次獎勵。研究生組建的團隊參加第一屆“新思路杯”全國研究生飛行器創新大賽三等獎。